2012年ごろから使ってるvpsのhdd容量が100GBで、95%を超えて来たので不要なファイルを削除することにしました。
まずは結果から(muninのdisk容量画面)

95%を59%まで減らしました。

まずは/の下でどのdirに無駄なファイルがあるか調べて来ました。

$ cd /
$ ls -a | grep \.\.\. | xargs du -sh
0 .autofsck
0 .autorelabel
129M .journal
8.0K .rnd
6.0M bin
31M boot
52K dev
231M etc
7.8G home
534M lib
22M lib64
16K lost+found
8.0K media
8.0K mnt
429M opt
0 proc
143M root
28M sbin
8.0K selinux
8.0K srv
4.1G swapfile
0 sys
444K tmp
574M u01
28G usr
46G var

home, swapfile, usr, varにあるようです。

homeについてはすぐに見つかりメール送信ファイル履歴が原因でした。

7.0G /home/Maildir/new

次のvarを追ってったところ
$ cd /var
$ ls -a | grep \.\.\. | xargs du -sh
160M cache
32K empty
8.0K games
4.5G git
8.0M ktserver
20G lib
8.0K local
40K lock
1.9G log
0 mail
8.0K net-snmp
8.0K nis
8.0K opt
8.0K preserve
172K run
584K spool
684K svn
16K tmp
124K webmin
21G www

git, lib, www, logが怪しかったです。

gitについてはgitレポジトリを自サーバーで作ってたのが原因なので、gitホスティングへ移してgitは削除しました。
wwwは自分のサイトが原因で、logは普通のログが溜まってたので削除可能なものは削除しました。

$ cd /var/lib
$ ls -a | grep \.\.\. | xargs du -sh
72K alternatives
4.0K dav
16K dbus
8.0K dhclient
8.0K dhcpv6
8.0K games
8.0K hal
56K iscsi
45M jenkins
136K logrotate.status
16K misc
45M mlocate
2.7G mongo
8.0K multipath
32K munin
8.0K munin-node
16G mysql
28K nginx
12K ntp
2.2M pear
32M pgsql
27M php
4.0K postfix
8.0K random-seed
857M redis
41M rpm
44K sepolgen
16K stateless
8.0K tpm
8.0K yum

昔テストで入れたmongo, 運用中のmysqlでした。
mongoは不要なので削除。

cd /usr
12K X11R6
460M bin
8.0K etc
8.0K games
35M include
176M java
168K kerberos
504M lib
359M lib64
156M libexec
25G local
192K npm-debug.log
16M sbin
597M share
24K src
0 tmp

cd /usr/local
67M bin
12K etc
8.0K games
4.5M include
17M kyotocabinet
8.2M kyototycoon
328M lib
8.0K lib64
432K libexec
256K man
76M python
0 rrdtool
8.0K sbin
77M share
25G src
14M ssl

cd /usr/local/src
6.5G android-sdk-linux
2.1G android-sdk-linux_x86
9.9G elasticsearch-1.5.2
1.2G mono-3.2.8

/usrは追ってくと/usr/local/srcに行き着いて上記4つが割と食ってたので削除しました。